داستان با وارد شدن شارل بووآری به عنوان شاگرد تازه ای به یک دبیرستان شهرستانی آغاز می‌شود و سپس خواننده مسیر زندگی حقیر این پسربچه را دنبال می‌کند که به عنوان طبیب بهداری به کار می پردازد و با بیوه زنی که مادرش برای او می‌گیرد عروسی می‌کند. زن از او بزرگتر است، او را هم دوست دارد، ولی در مورد او مستبدانه عمل می‌کند.
این کتاب بی‌شک مشهورترین و مقبول‌ترین اثر فلوبر است. به گفته امیل زولا که از سران جنبش واقع گرایی و از نویسندگان بزرگ قرن نوزدهم ادبیات غرب است، همه کتابهایی که ما می نویسیم و به نظرمان واقعی می آیند، در مقایسه با اثر فلوبر کارهایی سطحی و احساساتی اند و به درد تماشاخانه می خورند. نظراتی از این قبیل در باره نقش و اهمیت فلوبر و دو اثر عمده او "مادام بووآری" و "تربیت احساسات" بسیار بیان شده و کم نیستند نویسندگان و منتقدانی که فلوبر را آغازگر رمان مدرن و این دو اثر را سنگ زیربنای شیوه داستانسرایی امروزی می دانند.
